Dinamica_Poblacional
2023-07-11
title: “A Minimal Book Example” author: “John Doe” date: “2023-07-11” site: bookdown::bookdown_site documentclass: book bibliography: [book.bib, packages.bib] # url: your book url like https://bookdown.org/yihui/bookdown # cover-image: path to the social sharing image like images/cover.jpg description: | This is a minimal example of using the bookdown package to write a book. The HTML output format for this example is bookdown::gitbook, set in the _output.yml file. link-citations: yes github-repo: rstudio/bookdown-demo
VII Andean Orchid Conference, Cusco, Perú, 24-26 Noviembre 2023
Lugar: Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, Perú Fecha del taller: 24-26 Noviembre 2023
Impartido por:
Dr. Raymond L. Tremblay:
Universidad de Puerto Rico Presidente de Analítica Fundación, Inc
e-mail:
Dra. Nhora Helena Ospina-Calderón:
Pontificia Universidad Javeriana Seccional Cali Profesora-investigadora
e-mail:
Duración del taller:
Tres días con 26 horas totales de Taller-teórico practico con una experiencia de recolección de datos en el campo (8 horas) y dos días de taller–teórico practico y análisis datos (14 horas). Instrucción en español.
Certificación A nombre de la
Universidad Nacional San Antonio Abad del Cusco (UNSAAC)
ANALITICA Fundación Inc. (Puerto Rico)
Costo del taller Estudiantes:
S/. xxx.00 nuevos soles ($ 100.00 dol.) locales.
Profesionales: S/. xxx.00 nuevos soles ($200.00 dol.) Estudiantes internacional y profesionales
Cupo: 25 personas
Introducción
Este taller teórico-práctico se ofrece a los estudiantes interesados en orquídeas y a las personas interesadas en la conservación de plantas. Los métodos se enfocarán en el uso de las matrices de Lefkovitch para construir modelos de historia de vida que sirven a su vez para evaluar si una población de una especie es estable, está creciendo o se está reduciendo. Para evaluar el crecimiento de las poblaciones se utiliza el método de marcar y recapturar (monitorear) individuos en el campo, dicho método se aplicará para hacer Matrices de Proyección de Poblaciones (MPP). Se dará énfasis en el manejo para el almacenamiento y sistematización de datos. Los datos recolectados en el campo serán utilizados para construir una base de datos que almacene las evidencias recogidas en el campo y funcione como insumo para calcular las matrices de transiciones. Posterior a la construcción de matrices de transición se analizará las tasas de crecimiento (crecimiento poblacional intrínseco), estimando los errores y los intervalos de confianza con distribución beta para cada una de las transiciones. También se llevará a cabo análisis de elasticidad y la proyección del tamaño de la población. Todos los análisis serán preparados y llevados a cabo en R, Rstudio y RMarkdown (todos programas de distribución libre).
Objetivo general:
Introducir las bases teóricas y prácticas para la recolección de datos de campo que permiten determinar la probabilidad de extinción de una población.
Objetivos específicos:
• Conocer las bases teóricas y los métodos modernos de recolección de datos en el campo para determinar la probabilidad de extinción de una población.
• Conocer los datos básicos y su correcta manipulación para determinar
la viabilidad de una población.
• Manipular correctamente los archivos electrónicos de datos de campo para proponer la estructura de la población y su posterior depuración para análisis sobre diferentes formatos.
• Aprender nociones básicas de Excel, R y RStudio para editar y analizar conjuntos de datos para el uso con análisis de MPP.
• Construir un gráfico de ciclo de vida para la especie estudiada.
• Construir modelos demográficos que permitan predecir la dinámica poblacional en el tiempo y generar insumos importantes para el manejo y la conservación
• Estimar los intervalos de confianza de los parámetros del ciclo de vida de la población.
• Utilizar la información y análisis demográfico para el diagnóstico y predicciones de la viabilidad de las poblaciones.
• Modelar el tamaño poblacional de la población de estudio para determinar su posible riesgo de extinción
Introducción
23 noviembre- Llegada a Cusco
8:00 pm- 9:15pm
- Introducción al taller y Presentación de conceptos básicos (Capítulo 2; Tremblay)
- Diagrama del ciclo de vida (Capítulo 3; Ospina)
24 noviembre: Viaje de campo
Salida 6:00 am - Llegada 8:15 am.
- Llegada al sitio de muestreo campo
8:30am- 5:00pm.
- Determinación de la especie a estudiar (Ospina y Tremblay)
- Métodos de recolección de datos - Recolección de datos (Capítulo 4 y 22; Ospina y Tremblay)
25 noviembre:
8:30 pm-10:30 pm
- - Teoria:
- Proponer un ciclo de vida (Capítulo 3)
- Quien se reproduce y como calcular la fecundidad (Capitulo 6)
- Como se ama la matriz (3 x 3) y ejercicio (Capítulo 5)
- Subir la matriz a mano
- Multiplicación del vector (N en el tiempo t) con la matriz = Nt+1
- Subir la matriz a mano
10:30am – 12:00pm
- - Introducción a la teoria de MPP
- crecimiento asimtotico (Capítulo 9)
- elasticidad (Capitulo 10)
- estructura estable (Capitulo Nuevo)
- valor reproductivo (Capitulo Nuevo)
Almuerzo 12:00- 1:00pm
1:00pm - 2:30 pm
- - Organización de los datos en Excel/Numbers/Sheet, estructura de la población (Capítulo 4 y 22; Ospina y Tremblay)
2:30pm – 5:30pm
Introducción a R, RStudio y RMarkdown y paquetes de análisis. (Tremblay)
Subir los datos a RStudio, análisis preliminar de los datos usando popdemo y raretrans (Ospina y Tremblay)
- Métodos para calcular contruir la matriz (Capítulo 8, Tremblay)
- Incluir la fecundidad (Capítulo 6)
- Matriz bayesiana a priori (Capítulo 8, Tremblay)
- Calcular los indices de Oquidea cuscanensis
- crecimiento asintótico (Capítulo 9)
- elasticidad (Capítulo 10)
- estructura estable (Capítulo Nuevo)
- valor reproductivo (Capítulo Nuevo)
26 noviembre:
8:30 pm-10:30 pm
- - Descripción histórica del uso y aplicaciones de MPP (Capítulo 2, 16: Tremblay)
10:30am – 12:00pm
Dinamica transitoria/ *transfer function* (Capítulo 12; Ospina)
Dinámica, análisis de viabilidad poblacional: el futuro de la especie (Capítulo 9: Tremblay)
Almuerzo 12:00- 1:00pm
1:00pm – 4:30pm
- Estudio de casos
- Caladenia xxx. Terrestre con latencia
- Dracula chimaera. Epífita y Terrestre
- Dendrophylax lindenii. Epífita áfila
4:30pm – 5:30pm
- Presentaciones de trabajo
Materiales necesarios:
- Computadora portátil (Mac o PC) con Excel, R y Rstudio
- Los participantes pueden trabajar en parejas en caso de que sea
difícil conseguir una computadora portatil.
- Es necesario acudir a las sesiones teóricas con los programas y paquetes previamente instalados, se enviará instrucciones y brindará oportuna asesoría.
Bibliografía
Gascoigne Samuel J. L., Simon Rolph, Daisy Sankey, Nagalakshmi Nidadavolu, Adrian S. Stell Pičman, Christina M. Hernández, Matthew Philpott, Aiyla Salam, Connor Bernard, Erola Fenollosa, Jessie McLean, Shathuki Hetti Achchige Perera, Oliver G. Spacey, Maja Kajin, Anna C. Vinton, C. Ruth Archer, Jean H. Burns, Danielle L. Buss, Hal Caswell, Judy P. Che-Castaldo, Dylan Z. Childs, Pol Capdevila, Aldo Compagnoni, Elizabeth Crone, Thomas H. G. Ezard, Dave Hodgson, Owen Jones, Eelke Jongejans Jenni McDonald, Brigitte Tenhumberg, Chelsea C. Thomas, Andrew J. Tyre, Satu Ramula, Iain Stott, Raymond L. Tremblay, Phil Wilson, James W. Vaupel, and Roberto Salguero-Gómez.. 2023. A standard protocol to report discrete stage-structured demographic information. Submitted to Methods in Ecology and Evolution. In press.
Stott, I., Hodgson, D. J., & Townley, S. (2012). Beyond sensitivity: nonlinear perturbation analysis of transient dynamics. Methods in Ecology and Evolution. 3(4), 673-684. doi: 10.1111/j.2041-210X.2012.00199.x
Stott, I., Hodgson, D. J., & Townley, S. (2012b). Popdemo: An R package for population demography using projection matrix analysis. Methods in Ecology and Evolution, 3(5), 797-802. https://doi.org/10.1111/j.2041-210X.2012.00222.x
Stott, I., Townley, S., & Hodgson, D. J. (2011). A framework for studying transient dynamics of population projection matrix models. Ecology Letters, 14(9), 959-970. doi: 10.1111/j.1461-0248.2011.01659.x
Tremblay, R. L., & Hutchings, M. J. (2002). Population dynamics in orchid conservation: a review of analytical methods based on the rare species Lepanthes eltoroensis. Orchid conservation. Kota Kinabalu: Natural History Publications (Borneo), 183-204.
Tremblay, R. L., Raventos, J., & Ackerman, J. D. (2015). When stable-stage equilibrium is unlikely: integrating transient population dynamics improves asymptotic methods. Annals of Botany, 116(3), 381-390. doi:10.1093/aob/mcv031
Tremblay, R. L., Tyre, A. J., Pérez, M. E., & Ackerman, J. D. (2021). Population projections from holey matrices: Using prior information to estimate rare transition events. Ecological Modelling, 447, 109526. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2021.109526.
Que conocemos de estas especies?
Especies reportadas de trabajo
Cyrtochilum cimiciferum (Rchb.f.) Dalström (Tiene una gran poblacion )
Cyrtochilum myanthum (Lindl.) Kraenzl.1917
Epidendrum chalmersii Hágsater & Ric. Fernández 2013 (endémico de la región Cusco)
Epidendrum syringothyrsus Rchb.f. ex Hook.f. 1875
Pleurothallis casapensis Lindl. 1842
Habenaria sp.
Cyclopogon sp.
¿Qué es el analisis de dinamica poblacional?
Por: Por RLT, Nhora Ospina, Demetria y Anne …..
El objetivo de la conservación biológica es asegurar que las especies
pueden sobrevivir, reproducirse y dejar progenie viable para de una
generación a otra. Por consecuencia se necesita que las variables
intrinsicas y extrinsicas, bioticas y abioticas de cada especies estén
considerado con todas sus interacciones. Naturalmente aunque el concepto
es sencillo, tomar en cuanta TODAS las posibles interacciones biológicas
y abióticas es imposible.
El primer paso a la conservación es considerar el ambiente adecuado para
cada especie. Sin duda en los ultimos 50 años en muchos paises ha habido
un cambio grande en el repesto y la conservaciones de bosque, pradera,
desierto y todos los biomas en general. Por ejemplo el cambio de
cobertura de bosque en Puerto Rico ha aumentado de circa de 2-5% en los
años 1910 a más 40% en el 2000 (Parés-Ramos, Gould, and Aide
2008). En general en Latino América ha habido más
reforestación de deforestación (Aide et al. 2013) en los
ultimos años, aunque varia mucho entre paises y periodo de tiempo. Para
la conservación el primer paso era reconocer que los habitat necesitan
ser protegido.
Muchos de estos nuevos hábitat son bosque segundarios, fragmentados y
dominado por especies introducidas. Estos habitat por consecuencia son
mayormente diferentes al ambiente natural antes de los cambios
antropogénicos. El resultado, en muchas ocasiones, es que la especies de
interes están reducida en números de individuos o fragmentados.
Considerando esos remanentes de individuos en el habitat, son suficiente
para mantener una población viable? ¿Como que uno decide que una
población es viable?
En general, el conceptos de conservación es que si uno proteje los habitat las especies estarán conservadas. Pero lo que no es obvio es que la presencia de muchos individuos no es suficiente para asegurar la supervivencia de una especies a largo tiempo. Un ejemplo bien conocida es la extincción del Dodo en la isla de Mauritius y la casi extinción de una especies de arbol en la familia Sapotaceae, Calvaria major. Para que la semillas sean viable necesitan pasar por el tracto digestivo de un pajaro para remover el encocarpo persitente de la semilla que causa “dormancy” en las semillas (Temple 1977). Por consecuencia nunca se puede asumir que la presencia de una especies sin tomar en cuenta las interacciones bióticas y abióticas es suficiente para sugerir que no hay riesgo de extincción.
¿Qué es el estudio de la dinamica poblacional?
La dinámica poblacional tiene como meta tomar en cuenta todas las etapas/edades de una especies y evaluar cual de esas etapas/edades tiene impacto sobre la supervivencia de la especies. Esas etapas de vida debería considerar las interaciones con sus ambiente biotico y abiotico. La dinamica de población es fundamental en todas las areas de la ecología y evolución. Comprender la dinamica poblacional es la clave para entender la importancia relativa al aceso de los recursos y el efecto de competencia, herbivoria y depredaciones sobre la viablidad de especies. Tradicionalmente los estudios estaban enfocado a evaluar la tabla de vida para el manejo y conservaciones de especies particulares (ref). En años más recientes los estudios se han diversificado para evaluar la interacciones entre especies y su ambiente (ref).
Definición
Una definición más especifica de los estudios de dinámica poblacional son definidos como los análisis de los factores que afecten el crecimiento, estabilidad y reducción en el tamaño de la población en una serie de tiempo.
Por ejemplo, la dinamica poblacional de especies invasivas incluye un periodo de crecimiento muy lento al comienzo de la colonización de un nuevo sitio y frecuentamente siguido de un crecimiento logarithmico. La figura @ref(fig:Pop-fig). demuestra el cambio de número de individuos en el tiempo de una especie hipotética.
ggplot(pressure, aes(temperature, pressure))+
geom_point()+
rlt_theme+
xlab("Tiempo")+
ylab("Tamaño poblacional")
Cambio poblacional en tiempo
El analisis de Dinámica Poblacional y su uso
Determinar el tamaño poblacional en el futuro tiene muchos usos. Se puede dividir sus usos en tres grupos grandes, entender las 1) interacciones ecológicas, 2) manejo y conservaciones o 3) los procesos evolutivos. Los estudios enfocado a la conservación se engloba dentro de un acercamiento de la viablidad de poblaciones. En este libro estaremos dando una introducción a cada uno de estas vertientes, pero nuestros ejemplos son una introducción al tema y no una profundización extensa de cada uno. En la table @ref(USO) vemos algunos de los usos especificos que se ha dado con la metodología de PPM.
Tabla: El uso potencial de la diferentes acercamiento de PPM.
NOTA IMPORTANTE: Evaluar las referencias y añadir referencias tradicionales y recientes
| Categoria de Uso | Uso especifico | Referencias | Referencias con Oquideas |
|---|---|---|---|
| Manejo | Identificar las etapas or procesos demograficos claves | (Crouse, Crowder, and Caswell 1987) | ? |
| Determinar cuantos individuos en una población es necesario para reducir la extinción | Shaffer 1981 Armbruster & Lande 1993 | ? | |
| Determinar cuantos individuos se necesita introducir en una sitio para establecer una población viable | Bustamante 1996 | ? | |
| Determinar cuantos individuos se puede extraer si tener un impacto negativo sobre la viabilidad de una población | Nantel et al. 1996 | ? | |
| En especies invasivas determinar cuantos y cual etapas se necesita remover para controlar la población | ? | ? | |
| Determinar cuantas pobalciones se necesita para la viabilidad de una especie al nivel local o global | Lindenmayer & Possingham 1996 | ||
| Evaluación de riesgos | Evaluar el riesgo de una población | Samson 1985 | muchos |
| Comparando el riesgo relativo de dos o más poblaciones | Allendrof et al. 1997 | ? | |
| Interacciones ecologicas | Evaluar interacciones ecológicas para entender las variables importantes para la supervivencia de una población | ? | Ospina et al., 2022 |
| Procesos y patrones evolutivos | Cual de los procesos y patrones evolutivos del ciclo de vida de especies impacta su crecimiento | ? | ? |
USO 1: Identificar las etapas or procesos demográficos claves
Identificar y conocer cuales son las etapas de vida más suceptibles a cambios abioticos y bioticos y su impacto sobre la persistencia de una población es necesario para el manejo. El ejemplo clásico en la literatura usando PPM son los trabajos sobre la dinámica poblacional de la tortuga “boba” o “cabezona” Caretta caretta (Crouse, Crowder, and Caswell 1987), (Crowder et al. 1994). Crouse y Crowder demostrarón que aun salvando TODOS los huevos de depredación, esa estrategia de manejo antropogenico iba a tener muy poco impacto en el crecimiento de la población. Lo que econtrarón es que el impacto más grande sobre el crecimiento poblacional provendría de proteger los adultos de las redes de pesca, modificando estas para que las tortugas se pueden escapar y no ahogarse en las redes. Los trabajos de Crouse y Crowder fueron pioneros en demostrar que uno podía simular diferentes escenarios basado en la historia de vida y evaluar su impacto.
Ejemplo de orquidea AQUI
USO 2: Determinar cuantos individuos en una población es necesario para reducir la extinción
El efecto de tamaño poblacional sobre la biología y la probabilidad de extincción es amplia (Shaffer and Samson 1985), (Nunney and Campbell 1993), (Harris et al. 2022). ¿Cual es la probablidad de extincción de una población considerando la cantidad de individuos en cada etapa? En general lo que se observa es que menor el tamaño poblacional, N, mayor es el riesgo de extincción. Esa probabilidad de extincción puede variar si algunas etapas del ciclo de vida tiene es muy reducido o su probabilidad de sobrevivir o crecer varia. Consideramos por ejemplo en las orquídeas donde la probabilidad de que las semillas se establece, germina y crezca a a ser un juvenil es muy pequeña. Por consecuencia una nueva población de orquidea necesita considerar la cantidad de individuos que este presente pero tambien la probabilidad de tener semillas y que estas pueden crecer a ser adultos reproducible.
USO 3: Determinar cuantos individuos se necesita introducir en una sitio para establecer una población viable
Naturalmente, más cantidad de individuos re-introducido en un sitio mayor sera la probabilidad que la población sea viable. Pero, como todo hay un limite de tiempo y esfuerzo disponible. Por consecuencia la pregunta debería ser orientado a determinar cual es el minimo de individuos que se deberia introductir para garantizar un x porciento de suceso en el establecimiento de una nueva población.
En los ultimos años, muchas organizaciones y cientificos han comenzado a hacer re-introducción de especies en su habitat nativo y no. (ref). Algunos programa introduce especies en areas urbanas.
- Caladenia
- Korea
- one million orchids project
- ????
USO 4: Determinar cuantos individuos se puede extraer sin tener un impacto negativo sobre la viabilidad de una población
Hay tres razones principales para la extracción de individuos de su ambiente natural.
- Obtener individuos para la conservación Ex Situ.
- Usar un grupo de individuos para su propagación.
- Extraccíon para la venta sin objetivo de conservación.
El supuesto de colectores de orquidea de su habitat naturales, tanto para la conservación de Ex situ y el uso para la propagación es que el impacto es minimo, y no tendrá impacto a largo plazo para la supervivencia. Regresaremos sobre este punto más tarde. La historia de fanatisismo de recolección de orquideas para la venta es bien conocida ref(). Aun que uno quisiera pensar que estas extracciones son del pasado y no occuren hoy en dia, hay todavia escrupulos que extraen los plantas sin pensar al impacto que tendrá sobre la población o especie.
Pero la pregunta se tiene que hacer. Cuantos individuos y de que etapas se puede extraer de la población sin tener impacto en el crecimoento poblacional?
USO 5: En especies invasivas determinar cuantos y cual etapas se necesita remover para controlar la población.
USO 6: Evaluar el riesgo de una población
USO 7: Determinar cuantas poblaciones se necesita para la viabilidad de una especie al nivel local o global
Dinamica de metapoblaciones.
USO 8: Comparando el riesgo relativo de dos o más poblaciones
USO 9: Evaluar interacciones ecológicas para entender las variables importantes para la supervivencia de una población
USO 10: Cual de los procesos y patrones evolutivos del ciclo de vida de especies impacta su crecimiento
Historia de dinamica poblacional en orquideas.
Referencias
Qué es un diagrama de Ciclo de Vida
Por: Nhora Ospina
Ejemplos de ciclos de Vida
Escribo algo
Ejemplos de un ciclo de vida sencillo
Tengo mucho texto que ampliar
Ejemplo de un ciclo de vida con 3 estadios
library(Rage)# hidden code to produce figures
library(DiagrammeR)
matA <- rbind(
c(0.0, 0.0, 3.2),
c(0.5, 0.3, 0.8),
c(0.0, 0.4, 0.9)
)
stages <- c("seedling", "rosette", "flowering")
title <- NULL
graph <- expand.grid(to = stages, from = stages)
graph$trans <- round(c(matA), 3)
graph <- graph[graph$trans > 0, ]
nodes <- paste(paste0("'", stages, "'"), collapse = "; ")
graph$min_len <- (as.numeric(graph$to) - as.numeric(graph$from)) * 3
graph$col <- c(
"PaleGreen4", "PaleGreen4", "PaleGreen4", "Goldenrod1",
"MediumOrchid4", "PaleGreen4"
)
edges <- paste0("'", graph$from, "'", " -> ", "'", graph$to, "'",
"[minlen=", graph$min_len,
",fontsize=", 10,
",color=", graph$col,
",xlabel=", paste("\"", graph$trans),
"\"]\n",
collapse = ""
)
grViz(
paste(
"
digraph {
{
graph[overlap=false];
rank=same;
node [shape=", "egg", ", fontsize=", 12, "];",
nodes, "
}",
"ordering=out
x [style=invis]
x -> {", nodes, "} [style=invis]", edges,
"labelloc=\"t\";
label=\"", title, "\"
}"
)
)Ejemplo de un cicle de vida con estadio de latencia
plot_life_cycle(matA, stages=stages, fontsize = 0)Code for color coding figure
Ejemplo de un cicle de vida con estadio de post reproducción
Ejemplo de un cicle de vida incompleto (y biologicamente erroneos)
Referencias
Como recopilar datos en el campo
Por: Raymond L. Tremblay
Identificar la especie de estudio
Para cualquier studio usando el acercamiento de dinamica poblacional es necesario conocer lo básico de la especie de interes y las etapas/edades que corresponde al ciclo de vida de esa misma. Poder reconocer las semillas, plántulas, juveniles y adultos y si hay etapas latentes. Algunos retos en en el estudio de las orquideas es el siguimiento de las semillas y plántulas en el campo. La dispersión de las semillas en espacio ha sido estudiado muy poco ( Sabat. et al. ) debido a sus tamaños tan pequeños y dificultad de seguir en el espacio. Los métodos de seguir las semillas en su ambiente natural incluye tipicamente ponerlos en una malla y ponerlos en el suelo o la corteza y recogerlos más tarde para ver si estas germinaron (ref).
Identificar plántulas en orquídeas terrestres tiende también a ser muy complidado, ya que están escondidas entre vegetación o cubierta de tierra. La orquideas epitifas, en ciertas especies se puede identificar las plántulas (si no están cubierta de musgo o otra vegetación), pero distinguir entre plántuls de diferentes especies puede ser imposible. Por ejemplo distinguir las plántulas de diferentes especies de Lepanthes en el mismo forofito no es posible (Tremblay comunicación personal). El método de identificar a que especie pertenece fue de seguir estos individuos a las otras etapas (junenil o adulto). Por ejemplo la forma de crecimiento del tallo es diferente entre Lepanthes eltoroensis (prostate) versus Lepanthes woodburyana (erect). Por consecuencia idividuos que no sobreviven a la próxima etapa no se sabe a que especie pertenece.
Marcar los individuos en el campo
Los calidad de los métodos de marcar plantas en el campo para evaluación posterior es primordial para los análisis de dinámica poblacional. Como se marca y cual es la calidad del marcador para detectar y re-evaluar los individuos en años subsiguiente afecta la calidad de los datos. Si los marcadores individuales se pierden y no se reconoce ese problema, los individuos perdidos por marca no permanente se podría categorizar como muerto, y ese individuo no marcado (por haber perdido su identificación) pudiese ser interpretado como un nuevo individuo (reclutamiento). Eso resulta en aumento en mortandad y reclutamiento, sesgando los resultados. Naturalmente, ese sesgo depende de la frecuencia proporcional al tamaño de muestra, menor el tamaño de muestra mayor el sesgo.
El marcados tiene que ser permanente (plástico, metal, etc.) y fácil de encontrar en adición de ser informativo y único para cada planta y reducir las incertidumbres. La dificultad muchas veces proviene de individuos donde los datos son recopilados con numeración similares. Esos problemas muchas veces encuentra años después cuando se quiere re-evaluar los datos y no hay manera aclarar las dudas.
Métodos de marca y recaptura
Indentificaciones de individuos
Cada planta tiene que tener si propia identificación y que no haya confusión con otros individuos de esa misma población o de otra población.
Una población
Por ejemplo si el estudio comenzó en 2023 y solamente hay una población. Los individuos podrían tener una codificación siguiente 23001, 23002, 23003, … 23152 para los 152 individuos encontrado y marcado ese año. El siguiente año se muestra esos individuos y nuevos individuos encontrado comenzarían con 24153. De esta forma ya se conoce cuando fue el primer año de muestreo del individuo y esos nuevos individuos no se confunde con los del año anterior. Cada año comenzaría con identificación del año, y la numeración de los individuos no se repiten en la misma población. Entonces hay redundandia en la codificación ayudando a reducir los errores de codificaciones.
Multiples poblaciones
Siguiendo con el mismo concepto pero múltiples poblaciones, la numeración de la población pudiese utilizar una codificación alfa numérica, donde la letra del alfabeto representa la población y la número los individuos. Siguiera así A23001, A23002,…, 23xxx para la primera población y B23001, B23002,…, B23xxx para las segunda población.
Relocalización de individuos
Para relocalizar los individuos se puede utilizar marcador permanentes o geo-referencias individuales para cada planta.
Métodos de relocalizar los individuos en el campo puede ser complicado.
- uno de los métodos es amarar al individuo la identificación individual de forma que se fácil de encontrar y que no se pierde. Por ejemplo uno puede amarar el “tag” con hilo de pezcar grueso o “twist tags” alrededor de unos pseudobulbos o cerca de la planta. El la foto que sigue vemos una planta Cypripedium acaule en la región de North Bay, Ontario, Canada marcado con un tag metálico cerca de la planta
Necesitamos unos ejemplos
- otro metodo es grapar el “tag” al lado de los individuos. Este es un método que es adecuado para plantas pequeñas. NO se debería poner el tag agarrado a la planta, ya que el peso del tag, podría causar daño a la planta, en adición que este caso las hojas no son persistente, por consecuencia al caer una hoja podría perder el “tag”. En esa foto se uso un pequeño clavo para poner el “tag”, pero también usando una grapadora puede ser más eficiente y menos dañino al árbol. En la foto siguiente se ve un tag de plastico amarado con un clavo al lado de de una planta de Lepanthes eltoroensis en Puerto Rico. Posteriormente se cambio el calvo por una grapadora normal. Ese metodofuncionó muy bien.
Si el sitio esta bien protegido y no hay riesgos de atraer atención a las plantas se puede usar pequeñas banderas para facilitar la recaptura de las plantas.
NOTA importante: los “tags” no deberían ser facil de ver en el habitat ya que podría atraer atención al estudio y hay mucha gente que se llevan plantas del campo, incluyendo plantas que son partes de estudios.
Variables a recoger en el campo
La base de los estudios de dinamica poblacional es evaluar las transiciones entre las etapas de vida incluyendo mortantad y su reprodución. La información que se recoge del campo tiene que ser facil de recoger y consistente y sin error. Si seguimos ejemplos de los trabajos de campo de Tremblay [ref] con Lepanthes, las etapas incluidas son plantulas, juveniles, adultos no reproductivos y adultos reproductivos. Cada una de estas estapas estan definida especificamente para ese genero.
- plantula: individuo que no tiene ninguna hoja con peciolo.
- juvenil: individuo que tiene hojas con peciolo pero no hay ninguna evidencia que fue reproductiva en el pasado (las base de las inflorescencia son persistente)
- adulto non-reproductivo: individuos con inflorescencias secas (ninguna verde)
- adulto reproductivo: individuo con inflorescencia verdes con o sin flores o frutos.
Dependiendo de los estudios pudiese haber más etapas, por ejemplo Tremblay [ ] uso dos etapas de individuos reproductivos.
Otro ejemplo es el estudio de Hernández-Apolinar con la especie xx. donde incluyo…..
Determinar cuantas categoria deberia ser utilizados y cuales es muy dinamica y depende de la especies, número individuos y las preguntas de interes.
Las variables a recoger tiene que incluir el minimo las siguientes
- la etapa en el tiempo t
- si esta vivo o muerto en el tiempo t
- la cantidad de flores en el tiempo t
- la cantidad de frutos en el tiempo t
- la presencia y “tagging” de nuevos individuos en el tiempo t+1
Otras variables que pudiese recoger incluye
el tamaño de las hojas o la hoja más grande
- Brasavola cucculata []: las plantas necesitan un tamaño minimo de largo de hoja antes de florecer
el número de pseudobulbo
- ….
la altura de la inflorescencia
- Caladenia valida []: la altura de la inflorescencia impacta la probabilidad de producir frutos
la altura en el árbol de las epífitas
- Brasavola cucculata []: la plantas muy bajo menos de 1.5m son depredadas por la cabras
el número de “ramet”, un indice del tamaño del genotipo en plantas con crecimiento horizontal
- Cypripedium calceolus var. parviflorum [Tremblay]: Los estudios evolutivos tienen que reconocer la diferencia entre un “ramet” y un “genet”.
indicadores de herbivoria sobre la planta
indicadores de la cantidad plagas sobre la planta como “rust”
Referencias
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Otra seccion
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Next, reference the labeled heading anywhere in the text using
\@ref(nice-label); for example, please see Chapter @ref(intro).- If you prefer text as the link instead of a numbered reference use: any text you want can go here.
Captioned figures and tables
Figures and tables with captions can also be
cross-referenced from elsewhere in your book using
\@ref(fig:chunk-label) and
\@ref(tab:chunk-label), respectively.
See Figure @ref(fig:nice-fig).
par(mar = c(4, 4, .1, .1))
plot(pressure, type = 'b', pch = 19)
Here is a nice figure!
Don’t miss Table @ref(tab:nice-table).
knitr::kable(
head(pressure, 10), caption = 'Here is a nice table!',
booktabs = TRUE
)| temperature | pressure |
|---|---|
| 0 | 0.0002 |
| 20 | 0.0012 |
| 40 | 0.0060 |
| 60 | 0.0300 |
| 80 | 0.0900 |
| 100 | 0.2700 |
| 120 | 0.7500 |
| 140 | 1.8500 |
| 160 | 4.2000 |
| 180 | 8.8000 |
(Appendix) List of epiphyitc species
You can add parts to organize one or more book chapters together. Parts can be inserted at the top of an .Rmd file, before the first-level chapter heading in that same file.
Add a numbered part: # (PART) Act one {-} (followed by
# A chapter)
Add an unnumbered part: # (PART\*) Act two {-} (followed
by # A chapter)
Add an appendix as a special kind of un-numbered part:
# (APPENDIX) Other stuff {-} (followed by
# A chapter). Chapters in an appendix are prepended with
letters instead of numbers.
(Appendix) List of terrestrial species
Footnotes and citations
Footnotes
Footnotes are put inside the square brackets after a caret
^[]. Like this one 1.
Let’s add a second footnote. In this case we add information on the origin of matrix algebra 2
Mi tercer footnote es filosofico 3
Citations
Reference items in your bibliography file(s) using
@key.
For example, we are using the bookdown package (Xie 2023) (check
out the last code chunk in index.Rmd to see how this citation key was
added) in this sample book, which was built on top of R Markdown and
knitr (Xie 2015) (this citation was added
manually in an external file book.bib). Note that the .bib
files need to be listed in the index.Rmd with the YAML
bibliography key.
Here is second citation.
Evolutionary processes in orchids are likely to be a interaction between natural selection and genetic drift (Tremblay et al. 2005).
Here is a third citation
un articulo de Damon excepcional (Damon 2000)
Links to websites
The RStudio Visual Markdown Editor can also make it easier to insert citations: https://rstudio.github.io/visual-markdown-editing/#/citations
Blocks
Equations
Here is an equation.
\[\begin{equation} f\left(k\right) = \binom{n}{k} p^k\left(1-p\right)^{n-k} (\#eq:binom) \end{equation}\]
You may refer to using \@ref(eq:binom), like see
Equation @ref(eq:binom).
– this is the script to make the equation connectable in the text
** that the .... are to make the text visual
Theorems and proofs
Labeled theorems can be referenced in text using
\@ref(thm:tri), for example, check out this smart theorem
@ref(thm:tri).
::: {.theorem #tri} For a right triangle, if \(c\) denotes the length of the hypotenuse and \(a\) and \(b\) denote the lengths of the other two sides, we have \[a^2 + b^2 = c^2\]
A site to help create your equations \[\bar{x}=\frac{\sum x_{i}}{n}\]
https://latex.codecogs.com/eqneditor/editor.php
Ahora se enseña la formula del promedio @ref(thm:promedio)
\[\bar{x}= \frac{\sum x_{i}}{n}\]
Si quiere la ecuación en la linea usa solamente un “$” antes y despues de la formula. El promedio tiene la siguiente formula \(\bar{x}= \frac{\sum x_{i}}{n}\) y la varianza se estima tomando la diferencia entre los valores y el promedio.
Read more here https://bookdown.org/yihui/bookdown/markdown-extensions-by-bookdown.html.
Callout blocks
The R Markdown Cookbook provides more help on how to use custom blocks to design your own callouts: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/custom-blocks.html